La banda sonora de Chrono Trigger fue compuesta principalmente por Yasunori Mitsuda, con contribuciones del veterano compositor de Final Fantasy, Nobuo Uematsu, y un tema compuesto por Noriko Matsueda. Mitsuda, que por aquel entonces era programador de sonido, estaba descontento con su sueldo y amenazó con dejar Square si no podía componer música. Hironobu Sakaguchi le sugirió que compusiera la música de Chrono Trigger, comentando: «Quizás así te suban el sueldo».

Mitsuda compuso música nueva y se basó en una colección personal de piezas compuestas durante los dos años anteriores. Reflexionó: «Quería crear música que no encajara en ningún género establecido... música de un mundo imaginario. El director del juego, Masato Kato, era un amigo íntimo, así que siempre hablaba con él sobre el escenario y la escena antes de empezar a componer». Mitsuda durmió en su estudio varias noches y atribuyó algunas piezas, como el tema final del juego, «To Far Away Times», a sueños inspiradores. Más tarde, atribuyó esta canción a una idea que estaba desarrollando antes de Chrono Trigger, y comentó que la melodía fue compuesta en dedicación a «cierta persona con la que [él] quería compartir una generación».

También intentó usar leitmotivs del tema principal de Chrono Trigger para crear una sensación de coherencia en la banda sonora. Mitsuda compuso cada melodía para que durara aproximadamente dos minutos antes de repetirse, algo inusual en los juegos de Square de la época. Mitsuda sufrió un fallo en el disco duro que provocó la pérdida de unas cuarenta pistas en desarrollo. Tras contraer úlceras estomacales, Uematsu se unió al proyecto para componer diez piezas y terminar la banda sonora. Mitsuda regresó para ver el final con el equipo antes del lanzamiento del juego, y lloró al ver la escena final.